ＮＰＣ砦を取得している同盟を配下にすれば、その同盟が持っていたＮＰＣ砦の数だけ名声は＋されるのですか？ＮＰＣの資源ボーナスが＋されるだけですか？

資源ボーナスのみです。
所持砦数に対する名声ボーナス、では無く「初回に落とした同盟に対する」ボーナスなので、所持数と名声は比例しません。
配下同盟がNPC砦を攻略した場合も、NPC砦の獲得ボーナス（名声、BP、TP）は
配下同盟に配布され、資源ボーナスのみが親同盟に反映されます。